Godkända ansökningar överlämnas till Strukturfondspartnerskapet, som samråder med respektive regionförbund (regionalfondsärenden) och därefter tar partnerskapet ställning till om det aktuella projektet ska prioriteras eller ej.

Strukturfondspartnerskapets ställningstagande är bindande för myndigheterna. Efter det att strukturfondspartnerskapet antingen prioriterat eller inte prioriterat en projektansökan går ärendet tillbaka till respektive myndighet som fattar det formella beslutet.